骨干机构建设是海西工研院建设的关键环节。筹建办在深入调研的基础上，根据《海西工业技术研究院建设方案》（征求意见稿）提出的建设思路，研究、拟订了《海西工业技术研究院骨干机构建设初步设想》。明确了骨干机构建设的原则，即以市场为导向，按照我省产业规划和布局安排，突出闽台产业对接，着眼产业发展对技术的需求，科学规划、合理布局，成熟一个、建设一个，依托我省产业科技基础资源，有计划、有步骤地建设一批工研院的技术研发与服务骨干机构，承担海西工业产业适用技术，以及共性、关键性、前瞻性技术的研发和服务的任务。
　　从2006年11月开始，筹建办在光电子材料、农产品深加工、高分子材料、模具、纺织等技术领域，协调、组织我省部分高校、科研院所、企业，进行了多次磋商，拟合作组建首批5个研发或服务中心。